Doğada serbest ya da bileşik halde çokca bulunduğu için ancak depolaması vs. hala sorun teşkil etmekte.
Çalışma prensibi olarak çok önemli bir sorun yok yakıtlarda, önemli olan yakıtların enerjiye çevrimi, kullanım, tedarik potansiyeli ve en sonlarda da çevre kaygısı. Hidrojeni bileşik halden ayrıştırıp devinim yaratan motor için faydalı hale getirmek için özel üretim zarlardan oluşan bir sistem gereklidir ve bunun maliyeti de oldukça yüksektir. Ayrıca depolamak da çeşitli sorunlar ve tehlikeler içermektedir.